W trakcie badania do jelita podawane jest powietrze, dlatego też po badaniu mogą Państwo odczuwać wzdęcie, dyskomfort, uczucie rozpierania, nadmierne oddawanie gazów – to nie jest powikłanie, a jedynie skutek obecności powietrza w jelicie. W każdym ośrodku badań przesiewowych znajdują się toalety z których można swobodnie korzystać. Oddanie gazów zazwyczaj przynosi ulgę po badaniu.
Kolonoskopia jest badaniem bezpiecznym, choć jego powodzenie oraz pełne bezpieczeństwo nie mogą być zagwarantowane przez żadnego lekarza. Powikłania występują niezmiernie rzadko. Najpoważniejsze z nich, czyli perforacja (przedziurawienie ściany jelita) lub krwawienie mogą wymagać natychmiastowego lub pilnego leczenia operacyjnego. W polskim programie badań przesiewowych perforacja wystąpiła jedynie w 5 przypadkach na 50 000 badań (0,01%). Jeśli jakikolwiek objaw zaniepokoi Państwa lub lekarza wykonującego kolonoskopię będziecie państwo zbadani i jeśli zajdzie taka potrzeba, pozostaniecie w ośrodku na obserwacji.